Massively Parallel Implementation of Steered Molecular Dynamics in Tinker-HP: Comparisons of Polarizable and Non-Polarizable Simulations of Realistic Systems
نویسندگان
چکیده
منابع مشابه
Polarizable molecular dynamics in a polarizable continuum solvent.
We present, for the first time, scalable polarizable molecular dynamics (MD) simulations within a polarizable continuum solvent with molecular shape cavities and exact solution of the mutual polarization. The key ingredients are a very efficient algorithm for solving the equations associated with the polarizable continuum, in particular, the domain decomposition Conductor-like Screening Model (...
متن کاملthe effects of high non fibrous carbohydrates diet on milk production, inflammation and molecular mechanism of innate immunity in lactating dairy cows
پژوهش حاضر با هدف بررسی اثر جیره حاوی کربوهیدراتهای غیرالیافی زیاد و بروز التهاب در گاوهای شیرده در دو آزمایش جداگانه انجام شد. در آزمایش اول 20 رأس گاو مبتلا به ورم پستان از دو گروه کم تولید و پرتولید (هر کدام 10 رأس) و 20 رأس گاو سالم از دو گروه کم تولید و پرتولید (هر کدام 10 رأس) انتخاب شدند. همه گاوها در دوره دوم و یا سوم شیردهی و در روزهای 80-120 پس از زایش بودند. میانگین تولید شیر در گروه...
investigation of single-user and multi-user detection methods in mc-cdma systems and comparison of their performances
در این پایان نامه به بررسی روش های آشکارسازی در سیستم های mc-cdma می پردازیم. با توجه به ماهیت آشکارسازی در این سیستم ها، تکنیک های آشکارسازی را می توان به دو دسته ی اصلی تقسیم نمود: آشکارسازی سیگنال ارسالی یک کاربر مطلوب بدون در نظر گرفتن اطلاعاتی در مورد سایر کاربران تداخل کننده که از آن ها به عنوان آشکارساز های تک کاربره یاد می شود و همچنین آشکارسازی سیگنال ارسالی همه ی کاربران فعال موجود در...
Scalable evaluation of polarization energy and associated forces in polarizable molecular dynamics: II. Toward massively parallel computations using smooth particle mesh Ewald.
In this article, we present a parallel implementation of point dipole-based polarizable force fields for molecular dynamics (MD) simulations with periodic boundary conditions (PBC). The smooth particle mesh Ewald technique is combined with two optimal iterative strategies, namely, a preconditioned conjugate gradient solver and a Jacobi solver in conjunction with the direct inversion in the iter...
متن کاملThe Influence of Electrostatic Truncation on Simulations of Polarizable Systems
Different schemes for the treatment of long-ranged electrostatic interactions will be examined for water simulations using the polarizable fluctuating charge potential. Several different methods are compared, including Ewald sums, potential shifting, spherical truncation and reaction field corrections. For liquid water, properties such as the energy, pressure, dynamics and structure are more se...
متن کاملذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Journal of Chemical Theory and Computation
سال: 2019
ISSN: 1549-9618,1549-9626
DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00199